RO反滲透膜元件出廠前一般分干膜或濕膜2種包裝，未開封的RO反滲透膜處于干膜抽真空狀態或干膜包裝處于完好狀態，這樣的膜可以長期保存；濕膜抽真空狀態的RO反滲透膜一般保存期不得超過一年。
如化學清洗后的RO反滲透膜需包裝保存，因受條件的限制，難復原成真空密封包裝，尤其春夏季節，稍有不慎RO膜就容易長霉，時間一長，膜的表面就會出現頑固性的霉斑，影響以后膜的使用，也會因此導致膜性能的下降。
化學清洗后RO反滲透膜元件推薦保存方法：
1、可以采用防腐、殺菌藥劑液充分浸泡后取出，并處于濕潤狀態下用塑膠袋密封后避光保存；
2、密封后集中放置在柱狀容器內；
3、保持定期在容器內噴灑非氧化性殺菌劑，防止霉菌的生長；
4、定期檢查，一般為1個月檢查一次。
藥劑配制方法：
采用亞硫酸氫鈉（化學純）和純水配制成1.0%（重量比，即10克亞硫酸氫鈉配1公升純凈水）的溶液即可。
膜清洗頻率與預處理措施的完善程度是緊密相關的。預處理越完善，清洗間隔越長;反之，預處理越簡單，清洗頻率越高。
一般反滲透膜清洗是遵循“10%法則”--當校正過的淡水流量與200h運行(壓緊發生之后)的流量相比，降低了10%和(或)觀察到壓差上升了10%~20%就需進行清洗。
盡可能在脫鹽率下降顯示出來以前采取措施。正規安排的保護性維護清洗不足以保護反滲透系統。譬如，由于預處理設備運行不正常，進水條件在短時間內就會發生變化。反沖洗對于防止大顆粒對某些型式反滲透膜件的堵塞是有效的。但不是所有的污染都可通過簡單的反沖洗就能清除掉，還需要有周期的化學清洗。
化學清洗常是根據運行經驗來決定(可以根據每列設備壓降讀數與運行時間的關系曲線，或是依據產水量、淡水水質和膜的壓降等)。化學清洗所用的藥劑和方法，需根據污染源來決定。為了保證效果，在化學清洗前要進行沖冼。沖洗前先降壓，再用2~3倍正常流速的時水沖洗膜，靠流體的攪動作用將污物從膜面剝離并沖走。然后針對污染特征，選擇清洗液對膜進行化學清洗。為了保護反滲透膜件，液溫好不超過35℃。系統若停用5天以上，好用甲醛沖冼后再投用。如果系統停用兩周或更長的一些時間，需用0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生長。化學藥劑好每周更換一次。
針對各種污染物采用的清洗劑(污染原因):
金屬氧化物沉淀
1)0.2moI/L檸檬酸銨，PH4~5
2)4%亞硫酸氫鈉≈100
1)維持0.4Mpa壓力，15L/min流量，循環2h。
2)保持1Mpa壓力，水沖洗30min。
3)正常運行
防止反滲透膜污染
鈣沉淀物：
1)鹽酸，PH=4
2)檸檬酸，PH=4≈100
1)維持0.4Mpa壓力，15L/min流量，循環2h。
2)保持1Mpa壓力，水沖洗30min。
3)正常運行
有機物、膠體物：
1)檸檬酸，PH=4
2)鹽酸，PH=2
3)氫氧化鈉，PH=12
4)中性洗凈劑≈200
1)維持0.4Mpa壓力，40L/min流量，循環2h。
2)保持1Mpa壓力，水沖洗30min。
3)正常運行
細菌及黏泥：
1%甲醛溶液≈100
1)維持0.4Mpa壓力，15L/min流量，循環2h。
2)保持1Mpa壓力，水沖洗30min。
3)正常運行
